Носители Рутокен широко применяются как USB держатели ключа электронной подписи в информационных системах с самыми высокими требованиями к информационной безопасности. Продукты на базе Рутокен широко используются в коммерческих и государственных проектах. Один из самых популярных проектов в системе ЕГАИС.
Сертифицирован ФСБ России как средство криптографической защиты информации и средство электронной подписи.